همایون شجریان در ۳۱ اردیبهشت ۱۳۵۴ در تهران در خانواده‌ای سرشار از موسیقی متولد شد. وی فرزند محمدرضا شجریان است و از کودکی علاقه به موسیقی و ریتم در او نمایان بود تا آن که با تشخیص پدر نزد ناصر فرهنگ‌فر به فراگیری تکنیک و شناخت ریتم که اساس موسیقی است پرداخت و چند سالی هم آموختن را نزد جمشید محبی ادامه داد. از ده‌سالگی به همراه خواهرانش نزد پدر آواز را شروع کرد و در دوران بلوغ روزانه تکنیک آواز و صداسازی را به‌صورت فشرده فراگرفت. در همان زمان به هنرستان موسیقی رفت و کمانچه را به عنوان ساز تخصصی خود انتخاب کرد و در خارج از هنرستان به ادامهٔ فراگیری آن نزد اردشیر کامکار و آشنایی با تار و سنتور به صورت گوشی پرداخت.

او از سال ۱۳۷۰ به‌همراه محمدرضا شجریان در کنسرت‌های آمریکا، اروپا و ایران (با تنبک) همراهی کرد و از ۱۳۷۸ به بعد در صحنهٔ کنسرت‌ها به هم‌خوانی با پدرش پرداخت. اولین اثر با حضور او یاد ایام نام دارد که در آن اثر همایون شجریان تنبک نوازی را بر عهده داشته‌است. همایون شجریان کنسرت‌های بسیاری را با بزرگان موسیقی اجرا کرده و آثار زیادی را به همراه آنان در ایران و جهان منتشر کرده‌است که می‌توان به آلبوم کنسرت‌های «بی تو بسر نمی‌شود» و «فریاد» اشاره کرد که هردو اثر در سال‌های ۲۰۰۳ و ۲۰۰۵ نامزد دریافت جایزه گرمی شدند.

همایون شجریان به آهنگسازی برای سایر خوانندگان نیز مشغول بوده‌است؛ از جمله، تصنیف «دل سِتان» با مطلع «ای کاروان آهسته ران» را برای «علیرضا افتخاری» در آلبوم «قصهٔ شمع» آهنگسازی کرده‌است.

البته همایون شجریان تا سال ۱۳۸۸ پدرش را در اجراها همراهی می‌کرد. این دو مدت زمانی عضو گروه آوا بودند و در این دوران دو آلبوم غوغای عشق‌بازان و کنسرت محمدرضا شجریان و گروه آوا اجرا و به بازار عرضه شدند.

ترانه «وطن» بر اساس شعری با همین نام از سیاوش کسرایی از کارهایی بود که همایون شجریان چندی قبل از خرداد ۱۳۸۸ منتشر کرد.

متن آهنگ همایون شجریان بنام سام و زال

فرود آمد از تخت سام سوار
به پرده درآمد سوی نوبهار
چو فرزند را دید مویش سپید
ببود از جهان سر به سر ناامید
سوی آسمان سربرآورد راست
ز دادآور آنگاه فریاد خواست
که ای برتر از کژی و کاستی
بهی زان فزاید که تو خواستی

اگر من گناهی گران کرده‌ام
وگر کیش اهریمن آورده‌ام

چه گویم که این بچه دیو چیست
پلنگ دورنگ است یا خود پری است
بخندند بر من مهان جهان
از این بچه در آشکار و نهان

♫♫♫♫♫♫

دانلود آهنگ سام و زال از همایون شجریان

♫♫♫♫♫♫

بگفت این بخشم و بتابید روی
همی کرد با بخت خود گفتگوی

بفرمود پس تاش برداشتند
از آن بوم و بر دور بگذاشتند

بجایی که سیمرغ را خانه بود
بدان خانه این خرد بیگانه بود
نهادند بر کوه و گشتند باز
برآمد برین روزگاری دراز
نهادند بر کوه و گشتند باز
برآمد برین روزگاری دراز

همان خرد کودک بدان جایگاه
شب و روز افتاده بد بی پناه
همان خرد کودک بدان جایگاه
شب و روز افتاده بد بی پناه

متن آهنگ سام و زال از همایون شجریان